Są historycy, którzy przypuszczają, iż pierwotny sulechowski kościół, z granitowych kostek zbudowany, mógł być świątynią romańską, składającą się z prostokątnej, jednoprzestrzennej nawy, niższego od niej prosto zamkniętego prezbiterium, kwadratowej zakrystii od strony północnej i wieży po stronie zachodniej. Jednak nieregularne bloki kamienne, występujące w znacznej części murów, tezie tej zaprzeczają i dlatego wiązanie najstarszej fazy świątyni z epoką romańską wydaje się bezpodstawne.
Tkwiące w jej bryle architektoniczne elementy wskazują wyraźnie na gotycką genezę, sięgającą połowy XIII wieku. Farę zlokalizowano poza rynkiem, tuż przy murach, co jest charakterystycznym założeniem urbanistycznym średniowiecznych miast Wielkopolski. Ponieważ świątynia, w miarę upływu czasu stawała się za ciasna, w końcu XV stulecia musiano ja przebudować i rozbudować, przekształcając wnętrze w pełni wykształcony system halowy, o wysokich miedzy nawowych arkadiach i gotyckim sklepieniu. Wzniesiono wówczas trójnawowy korpus ceglany i podwyższono prezbiterium. Prace zakończono po latach, wyposażając wnętrze 15 grudnia 1499 roku - w charakterystyczny dla gotyku - wieloskrzydłowy szafiasty ołtarz. Z czasu tej wielkiej przebudowy pochodzi pierwsza zmianka o sulechowskiej farze z 1488 roku. Cenny ołtarz liczy już pół tysiąca lat, i choć zachował się w stanie fragmentarycznym, zaliczany jest do najbardziej znanych poliptyków późnego średniowiecza w Polsce, prezentując pod względem wartości artystycznych klasę europejską. Nie został jednak dotąd spopularyzowany, nie jest więc szerszym kręgom mieszkańców powiatu i regionu znany, choć na to jak najbardziej zasługuje.Choć na to jak najbardziej zasługuje. Z inskrypcji wynika, że gotyckie dzieło stanowiło fundację ówczesnego proboszcza sulechowskiej parafii Gabriela Rittera.
Ołtarz zdobił świątynię przez ponad ćwierć tysiąclecia. Usunięto go dopiero w latach 60-tych XVIII stulecia, jako że ze względu na polską genezę i katolicką wymowę ewangelickiej liturgii w zupełności nie odpowiadał. Jaki był dalszy jego los, trudno powiedzieć. Można domniemywać, iż był przechowywany przez lokalnych katolików. W 1866 roku proboszcz Henke drogą zapisu przekazał go świątyni w Babimoście. Tam, do 1929 roku, jego skrzydła wisiały na filarach, pełniąc rolę obrazów drogi krzyżowej. Później wymontowano je w południowej nawie kościoła ołtarz.Zabytek zamierzano w czasie zaborów opublikować w "Historii Malarstwa Polskiego" i dlatego w 1913 roku opracował go naukowo na miejscu przybyły z Akademii Umiejętności w Krakowie prof. Władysław Podlacha. Wybuch I wojny światowej sprawił, że praca nie ukazała się, pozostając w rękopisie do dziś. A szkoda. Malowidło jest przecież jednym z dowodów polskości Ziemi Sulechowskiej czasów średniowiecza.
Zdekompletowany ołtarz składa się jedynie z 12 malowanych kwater, wykonanych temperą na gruncie kredowym. Koloryt obrazów opiera się głównie na kontraście barwnych odcieni i czerwieni na złotym tle. Silnym gotyckim tradycjonalizmem cechuje się oddanie draperii szat.
Założenia kompozycyjne, kolorystyczne i formalne dowodzą, że poliptyk jest dziełem jednego artysty, którego nazwiska inskrypcja nie poddaje. Wszystko wskazuje na to, że inspiracją do jego powstania był bardziej ekspresyjny podobny dramat pasji kaliskiej, wykonanej przez mistrza z Gościszowic, któremu przypisuje się około 15 dolnośląskich dzieł. Historycy sztuki przypuszczają, iż sulechowski ołtarz mógł być pracą bliskiego ucznia mistrza, który kulturą artystyczną był do niego zbliżony, działając w jego plastycznym zasięgiem. A to sprawiło, że sulechowski poliptyk, pod względem formalnym i stylistycznym, stanowi małą indywidualną parafrazę dzieła kaliskiego, będąc jego wręcz dosłowną transkrypcją. Z kolei sulechowskie malowidło stało się pierwowzorem do powstania podobnego poliptyku w Kościanie.
W 1527 roku świątynia została przejęta przez kształtującą się wówczas gminę luterańską, będąc przez bardzo długi czas zaborem ewangelickim.Kościół najbardziej ucierpiał w czasie katastrofalnego pożaru miasta w 1557 roku. Wtedy runął zachodni szczyt i wieża, opadły też sklepienia. Odbudowa zajęła 5 lat. Znacznie dłużej trwało natomiast wykonanie bogatego wystroju wnętrz.
Np. nową ambonę ufundowano dopiero po 18 latach. W czasie odbudowy bryła świątyni dużo się zmieniła: ocalałą po pożarze dolną część wieży zamieniono na kruchtę, a nową zlokalizowano po stronie południowej, kończąc jej budowę w 1562 roku. W tym samym czasie wybudowano, zdobiony wnękami, zachodni szczyt, a wewnątrz wykonano nowe sklepienie gwiaździste, zachowując wszędzie obowiązkowy dla gotyku wertykalizm. W XVIII wieku, po zakończeniu wojny 7-letniej, przystąpiono do znacznej przebudowy wnętrz, uzyskując dodatkowe miejsce dla wiernych. Wtedy wmontowano w prezbiterium piękny, drewniany ołtarz z obrazem "Zdjęcie Chrystusa z krzyża" pędzla Bernarda Rode z Berlina, który zdobi świątynie do dziś. Kolejne prace renowacyjne przeprowadzono w kościele po roku 1827, kiedy to Fryderyk Wilhelm III, w trzechsetną rocznicę wprowadzenia luteranizmu w mieście, dal na rozbudowę i modernizację zboru 15 tysięcy talarów. Wówczas we wnętrzu zainstalowano nowe, wykonane we Wrocławiu organy, a w 1830 roku podwyższono do 57m wieżę, zastępując jej czterokątne dotąd zwieńczenie smukłym, ośmiobocznym. Wtedy też we wnętrzu wieży wmontowano nawy zegar. 
Od tamtej poty fara stała się w mieście główną wysokościową dominantą. A wysoka, nie pozbawiona romantycznego smaku, wieża dodawała świątyni dostojeństwa, przyciągając wzrok przechodniów. Następnie prace renowacyjne miały miejsce w latach 1884-1893. A w okresie między wojennym, w 1925 roku, przeprowadzono wielką regotyzację wnętrz, usuwając m. In. Z żeber sklepiennych nałożony niegdyś tynk. Renowacja przywróciła dominacje piętnastowiecznych, architektonicznych form, dzięki czemu późnogotycka świątynia zyskała na stylowych wartościach epoki, którą historycy sztuki uważają najwspanialszą w dziejach.Fara jest pod względem stylowym w zasadzie świątynią jednorodną. Gdyby nie późniejsze ewangelickie empory, gotyk wnętrz prezentowałby się w całej klasie. W 1945 roku obiekt był zdewastowany, wymagający czasochłonnych prac renowacyjno-porządkowych, do których parafianie przystąpili chętnie, przygotowując wnętrze do liturgii katolickiej. Pierwsze w nim nabożeństwo odprawiano na Zielone Święta 1946 roku.
Po bokach ołtarza umieszczono głównych patronów polskiego kościoła: św. Wojciech i św. Stanisław Kostka, a w prowizorycznym ołtarzu bocznym zawieszono ołtarz Matki Boskiej Ostrobramskiej.
Dziś świątynia prezentuje się wspaniale, będąc zabytkiem o znaczących wartościach artystycznych i stanowiąc w średniowiecznym układzie urbanistycznym obiekt niezmiernie znaczny. W obecnej formie jest to kościół późnogotycki, zbudowany z kamienia i cegły, halowy, trójnawowy, z trójbocznie zamkniętym prezbiterium, z kilkoma przybudówkami, wieżą po południowej stronie, wieloma zewnętrznymi oskarpowaniami. W nawie głównej i prezbiterium sklepienia są gwieździste, w nawach bocznych-sieciowe. Elewacje są dekorowane fryzem wieńczącym o motywie czteroliścia, ściany szczytowe korpusu posiadają w zwieńczeniu bogata dekorację blendową, znakomicie wzbogacającą wartości artystyczne zabytku.Dobry stan techniczny i bogate wyposażenie wnętrz nobliwa świątynia zawdzięcza troskliwej opiece proboszczów: poprzedniego- księdza prałata Michała Kaczmarka i obecnego- księdza dziekana prałata kanonika Antoniego Mackiewicza oraz wielkiego zaangażowania fizycznego i materialnego ofiarnych parafian. Dzięki temu fara emanuje urokliwymi detalami architektury gotyku, skłaniając do refleksji.
